南北战事暂歇，荆、益、颍川、陈留、汉中诸地烽烟平息，刘琦趁这难得安稳窗口期，全盘梳理全境文武官吏。他以沙场战功、地方治绩为唯一标尺，论功行赏，裁汰庸碌怠政旧吏，破格提拔实干有功之人，重新理清文武两套体系，划定军政权责，一扫战时权责混杂、各方官吏各自为政的乱象。

大局初定之后，刘琦伏案修表，遣快马信使直送许都汉廷。表中详述荆益两州安定民生、拓荒屯田、开山冶矿、兴办工坊的累累功绩，恳请天子颁下诏书，准许楚王自领大司马，总揽荆、益全境军政、屯田、粮储、边防、通商诸事，开大司马幕府理政。

幕府中枢属官全部敲定，权责清晰，各司其职：拜诸葛亮为军师将军，全权署理大司马府一切政务，全境内政、实业开发、粮草储备、官吏人事调度，尽归诸葛亮统筹决断。

庞羲由益州调来宛城，擢升幕府司马，专掌全军兵籍、兵役征调、军营法度。

贾诩为幕府长史，总揽机要文书、密探情报、邦交斡旋、战略谋策。

伊籍授从事中郎，辅佐长史处置往来公文，负责安抚各州郡世家士族。

徐庶出任议曹从事，执掌官吏考课、民间舆情收集、律法推行督查，各州屯田、矿场、工坊官吏优劣考评，统一由徐庶汇总呈报幕府。

四方重将以军功高低授前后左右四方将军，分镇腹地要道，居中策应。

赵云为前将军，统辖中军精锐，常年随大司马居中调度，四方战事随时驰援；

马超左将军，遥领凉州刺史，招抚、震慑西凉诸羌部落，稳固西北稳定；

黄忠右将军，镇守荆南四郡，弹压南疆蛮夷部族，安抚边境百姓，稳定荆南安定；

张任后将军，驻守益州腹地成都，统筹巴蜀本土军事防务，安定蜀中人心。

益州单独设立一套军政班子，专人全权坐镇治理巴蜀：

法正拜护军将军、益州刺史，总揽益州全境军政民生，统筹巴蜀屯田、矿山、官营工坊所有新政落地推行；

吴懿为安汉将军、益州别驾从事，辅佐法正、张任统辖益州兵马，戍守蜀地各处关隘险道；

李严授兴业将军、益州治中从事，专管益州荒地开垦、河渠水利修建、各类官营工坊督办；

黄权升安西将军、益州门下督，协理边境防务；

李恢为益州从事祭酒，专职安抚蜀中各大士族、推行地方教化、交涉边境蛮夷部族。

边境重镇各遣独当一面的大将镇守，手握一方防务全权：